Biomolekulare Simulation

Erster Termin:	14.10.2014
Vorlesungen:	Di 10-12, MA 744; Do 14-16, MA 144
Leistungspunkte:	10
Sprache:	deutsch

Viele pharmazeutische, chemische und physikalische Eigenschaften von Biomolekülen können aus ihren dynamischen Verhalten gewinnen werden. In der Vorlesung werden die wesentlichen chemischen und physikalischen Grundlagen zur Simulation von Biomolekülen vermittelt. Dabei werden - soweit es möglich ist - anhand eines Beispielmoleküls diese Grundlagen veranschaulicht. Des Witeren werden in der Vorlesung numerische Verfahren vorgestellt, welche zur Beschreibung der Dynamik der Biomoleküle häufig verwendet werden. Dabei wird insbesondere ein Augenmerk auf Probleme bzw. Herausforderungen in den Simulationen (z. B. "Fluch der Dimension"), gerichtet. Anschließend widmen wir uns einer statistischen Beschreibung der Dynamik der Moleküle mittels Dichten, Transferoperatoren, Markovketten und Übergangswahrscheinlichkeiten

Link zu TrajLab (MolDynSim):> TrajLab Link zu VMD:> VMD
Set_My_Path.m
Koffein.pdb
Adrenalin.pdb
Cholesterol.pdb

Konstantin Fackeldey
MA 569
e-mail:fackeldey'at'math.tu-berlin.de